江浙交界地区水网交错，水质常因上游来水或气候的异常而突然恶化。

2001年11月，江浙两省边界曾发生水污染纠纷。该纠纷平息后，在江浙两省领导和国家环境保护总局、水利部的共同关心下，吴江市和浙江省嘉兴市秀洲区人民政府互相配合，开创合作治污的新机制。2002年起，边界双方的环境监察人员组成联合督查组，每年两次对边界两侧的王江泾和盛泽镇的排污企业进行共同督查或对口互查。对检查中发现的问题及时协商，及时解决。后，苏州市人民政府和嘉兴市人民政府，苏州市环境保护局和嘉兴市环境保护局每年召开1～2次联席会议；吴江市人民政府与嘉兴市秀洲区人民政府每年召开1次联席会议；吴江市环境保护局与秀洲区环境保护局之间保持热线联系。双方通过联席会议和热线联系，沟通信息，减少不必要的误会和纠纷，巩固边界稳定局面。边界如果出现污染事故苗头，双方政府及环保、水利、渔政等部门，立即在现场召开联合办公会议，及时地采取措施，制止污染苗头，防止污染事故，保持边界水质稳定。2003年，吴江市环境保护局除了在节假日期间加强对盛泽镇企业的执法检查外，还专门抽调12名工作人员长驻盛泽镇，与盛泽环保分局执法人员一起，对有污染企业进行24小时不间断的拉网式检查。同时加强对盛泽地区水质监测，基本保持每两天一次，及时掌握各企业达标排放和江浙交界水域水质情况。

2005年3月24日，吴江市人民政府批转吴江市环境保护局《关于2005年度江浙交界断面水质控制预警方案》。该《方案》目标为通过建立断面水质控制预警机制，及时掌握断面水质变化情况，切实提高快速反应能力，加大区域污染防治力度，提高盛泽地区整体环境质量。根据《方案》，吴江市成立预警系统领导小组，由吴江市人民政府市长任组长，中共盛泽镇委书记和吴江市人民政府分管市长任副组长，市环境保护局局长、分管副局长，市环境保护局盛泽分局局长以及盛泽镇镇长和分管副镇长为组员。领导小组下设督查工作小组和现场落实工作小组。督查工作小组由市环保局局长任组长，分管副局长和市环保局盛泽分局局长、副局长任副组长，下设监测组、检查组、应急组和资料组。现场落实工作小组由盛泽镇镇长任组长，市环境保护局盛泽分局局长、盛泽镇分管副镇长任副组长。《方案》对各个工作小组的分工和职责作明确的规定。《方案》以江、浙交界断面王江泾（北虹大桥）为目标断面，制定5项控制措施：加快盛泽镇区的水体流动，镇东闸全年不间断换水，每天24小时保持6个流量；目标断面高锰酸盐指数在9毫克每升以下，盛泽镇所有排污企业均可正常生产，检查组负责日常监督检查，确保达标排放；目标断面高锰酸盐指数在9～10毫克每升范围内连续出现超过一周，监测组应及时逐级上报，领导小组采取应急措施。盛泽镇所有排放污水的企业实行每周“开五停二”措施。现场落实小组组织实施相关轮产措施；目标断面高锰酸盐指数在10～15毫克每升范围内连续超过三天，盛泽镇所有排放污水的企业实行每周“开四停三”措施。现场落实小组组织实施相关轮产措施；目标断面高锰酸盐指数超过15毫克每升，盛泽镇所有排放污水的企业全线停产，由现场落实小组落实相应停产措施。6～7月，江浙交界王江泾断面水质呈下降趋势，吴江市人民政府下发文件，要求“迅速降低污染负荷，尽快改善交界断面水质”，盛泽地区27家印染企业按照政府要求，实行轮流生产。

2006年8月下旬，江浙交界部分水域的水质呈临界状态，8月28～29日，盛泽镇南麻社区三里泾河道突现黑水，影响下游澜溪塘水质。吴江市环境保护局会同盛泽镇人民政府，迅速采取3条应急措施：抽调环境监察中队对该地区的庄平村和桥南村等地进行高密度现场监察，对直排或未达标排放废水的织造企业，一经查实，立即依法处理；南麻社区内的创新染厂和第二印染厂暂时停产，减少排污量；立即组织人员对三里泾河道内的浮油、水草进行清理打捞。9月上旬，该地区水质恢复正常。2007年6月初，王江泾、瓜泾口北断面水质呈恶化趋势。6月5日上午，吴江市人民政府市长徐明等领导紧急召集市环境保护局、市水利局和盛泽镇人民政府主要领导，乘坐环保执法快艇，对盛泽地区的水环境进行重点检查。下午，吴江市环境保护局召集盛泽地区所有印染企业负责人召开紧急会议，宣布两条应急措施：严控排放总量，责令印染企业在目前生产规模的基础上，分别削减40%，其余的生产设备全部贴封条，确保印染废水每天控制在6万吨以下；整治喷织企业，对200余家废水未经有效处理的小型喷水织造企业，从6月6日起全部停电、停水。是月，该地区水质恢复正常。

2009年，进一步完善联合治污机制，拓展与浙江嘉善县的协作，两地共同形成《关于太浦河饮用水源地环境保护合作备忘录》；编制完成《吴江市王江泾断面流域（京杭运河）水环境综合治理规划》，确定重点工程20项，总投资近8亿元。是年，投资800多万元，新建3座省界断面水质自动监测站，累计9座，水质监测数据直接联网省环保厅；王江泾断面流域水质稳定趋好，经苏州市水域功能区达标考核，吴江市列入国家和江苏省太湖流域“十一五”目标考核断面和小康考核断面全部达标。2010年6～8月，针对盛泽地区纺织行业产销两旺形势，为确保省界断面水质达标，吴江市开展“五铁一号”行动（以铁的决心、铁的纪律、铁的手段、铁面无私、铁石心肠的“五铁”精神为主题的环保执法专项行动），共出动执法人员5156人次，检查涉污企业2062厂次，大规模夜查9次，55家企业被责令限期整改，381家企业受到停产整治处罚，24家企业被曝光。2011年，江浙交界断面水质达到国家考核标准。2012年，吴江市环境保护局实施江浙断面水质达标工程，落实河长制，加大监测频次，注重突击执法检查，坚持手机水质短信日报制度，及时掌握水质波动情况；建立盛泽、桃源、平望3镇区域环境保护协作机制，联合打击环境违法行为，确保断面水质稳定；吴江、秀洲两地环境保护局签订《省级边界环境联合执法工作机制的意见》，将双方纵向延伸两公里区域作为交叉联合执法区域，实行区域共防、共建、共保，及时有效地预防和处置跨界环境污染纠纷。是年，江浙交界断面水质基本稳定在四类水标准。